Posteriormente participa en 1945 en el primer Torneo de clubes Campeones de Bolivia donde se enfrentaron 5 clubes de 5 ciudades en Oruro. En 1964 la FBF por fin da el paso de organizar un torneo regular con los Campeones de cada departamento de Bolivia y organiza la Copa Simón Bolívar cuyo primer Campeón es The Strongest, equipacion barcelona 2024 siéndolo además de forma invicta. En 1950 encabeza junto con otros equipos de La Paz la profesionalización del fútbol boliviano cuando La Paz Football Association organiza los primeros campeonatos de esta categoría, obteniendo The Strongest su primer título profesional en 1952. Un año después una terrible tragedia acaba con la vida de varios de sus integrantes en un accidente automovilístico en Cochabamba y el resto de la década tiene que dedicarse a reconstruir su primer equipo, sin dejar de protagonizar los torneos pues en 1954 es SubCampeón de la LPFA y campeón del torneo internacional de la FBF, y en 1958 Campeón de la Copa República, segunda equipacion barcelona el primer Torneo de Clubes Campeones organizado por la Federación Boliviana de Fútbol (hasta el momento estos torneos los había organizado la AFLP y la AFO).
