En la Copa del Mundo, camiseta fc barcelona jugó los partidos ante las selecciones de Croacia e Italia sin conseguir gol en el certamen. En 1999 fue parte del histórico México que se coronó campeón de la Copa FIFA Confederaciones 1999 celebrada en su país. Palencia formó parte del equipo mexicano que disputó las eliminatorias rumbo al Mundial de Corea-Japón 2002, anotándole a Honduras durante esa fase. El 17 de noviembre se enfrenta contra el español David Ferrer, en la final del Masters de Shanghái, ganándole en tres mangas 6-2, 6-3 y 6-2. Así superó por segunda vez consecutiva la barrera de los ocho millones en premios, y ganando su octavo título de la temporada.
