Sin embargo en este retorno a la segunda división el equipo salmantino realiza unas actuaciones más bien discretas, en la temporada 2009-10 evita el descenso en la última jornada cuando a falta de pocos minutos Kike López marca un decisivo gol ante el Villarreal «B». Este hecho provocó que el día 4 de noviembre de 2019, y pese a ir el equipo en segunda posición, el club decidiera prescindir de Pedro Emanuel, nombrando al histórico jugador del Real Madrid, José María Gutiérrez «Guti», camiseta barcelona 2023 como nuevo técnico del conjunto almeriensista.
